马丽佳博士

Lijia Ma, Ph. D.

生命科学学院

功能基因组学与生物信息学实验室

联系

邮箱: malijia@westlake.edu.cn

网站:

马丽佳博士

Lijia Ma, Ph. D.

生命科学学院

功能基因组学与生物信息学实验室

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“愿对科学与真理永保好奇与敬畏之心,大胆假设、小心求证。”


个人简介

  马丽佳,2003年本科毕业于苏州大学医学部。2009年于中国科学院北京基因组研究所获得博士学位,研究方向基因组学与生物信息学,期间在华大基因负责多项大型基因组学研究项目。2009年8月至12月于中国科学院遗传与发育生物学研究所短期访问。2010年至2014年在芝加哥大学基因组学与系统生物学研究所进行博士后研究。2014年12月晋升为Staff Scientist,其后作为co-Principal Investigator承担美国国立卫生研究院ENCODE项目和modERN项目。2018年2月加入西湖大学生命科学学院任特聘研究员。


学术成果

  随着各类组学技术的快速发展,生命科学正逐步从传统的、以单点观察为主的学科,走向以产生和分析数字化组学信息(如基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组等)与功能实验验证相结合的学科。对具体生物学问题的研究也从关注单个突变、单个基因、单个蛋白逐步转向系统化研究。
  马丽佳博士长期从事系统生物学研究工作。以顺式调控元件(cis- elements)和反式作用因子(trans- regulator)等转录水平调控、以及mRNA修饰等转录后水平调控为切入点,结合功能基因组学实验与计算生物学方法,研究细胞表型与功能多样性的调控基础。实验室重点关注调控变化对胚胎发育、细胞分化、癌症进展等生理病理过程的影响,以及各级调控之间的相互作用(crosstalk)。同时,关注各类前沿实验技术(单细胞测序、CRISPR基因编辑、微流控技术在生物实验中的应用)和生物信息学分析方法的应用与开发。将“湿实验”与“干实验”相结合,“科学探索”与“技术开发”相结合。
  Google Scholar: https://goo.gl/hzbD99


代表论文

1. Song Q*, Ni K*, Liu M*, Li Y, Wang L, Wang Y, Liu Y, Yu Z, Qi Y, Lu Z, Ma L. Direct-seq: programmed gRNA scaffold for streamlined scRNA-seq in CRISPR screen. Genome Biology. 2020

2. Ni K, Ma L. Molecular Biology Techniques for Endometrial Gene Expression: Recent Technological Advances. Endometrium Gene Expression (Chapter 2), Springer. 2020

3. Chen Q*, Li Y*, Wang X, Zhang X, Hu Y, Li L, Suo D, Ni K, Li Z, Zhan J, Zeng T, Zhu Y, Li Y, Ma L#, Guan X#. Tumor fibroblast-derived FGF2 regulates expression of SPRY1 in esophageal tumor-infiltrating T cells and plays a role in T cell exhaustion. Cancer Research. 2020

4. Wang H, Hu X, Huang M, Liu J, Gu Y,Ma L, Zhou Q, Cao X. Mettl3-mediated RNA m6A methylation promotes dendritic cell activation. Nature Communication. 2019

5. Hsu P, Fei Q, Dai Q, Shi H, Dominissini D, Ma L, He C. Single base resolution mapping of 2-O-methylation sites in human mRNA and in 3 terminal ends of small RNAs. Methods. 2019

6. Ma L, Zhao B, Chen K, Thomas A, Tuteja JH, He X, et al. Evolution of transcript modification by N6-methyladenosine in primates.Genome Research. 2017 (Cover Story)

7. Slattery M*, Ma L*, Spokony RF*, Arthur RK, Kheradpour P, Kundaje A, et al. Diverse patterns of genomic targeting by transcriptional regulators in Drosophila melanogaster. Genome Research. 2014 (Cover Story)

8. Negre N*, Brown CD*, Ma L*, Bristow CA*, Miller SW*, Wagner U*, et al. A cis-regulatory map of the Drosophila genome. Nature. 2011

9. modENCODE Consortium*. Identification of functional elements and regulatory circuits by Drosophila modENCODE. Science. 2010

10. Chen X*, Ba Y*, Ma L*, Cai X, Yin Y, Wang K, et al. Characterization of microRNAs in serum: a novel class of biomarkers for diagnosis of cancer and other diseases. Cell Research. 2008.


联系方式

  电子邮箱:malijia@westlake.edu.cn
  招聘链接:
  1. 博士后
  https://www.westlake.edu.cn/Careers/OpenPositions/PostDoctoral/202007/t20200724_6751.shtml

  2. 科研助理
  https://www.westlake.edu.cn/Careers/OpenPositions/research/202007/t20200710_6487.shtml