张延晓博士

Yanxiao ZHANG, Ph.D.

计算与功能基因组学实验室

联系

邮箱: zhangyanxiao@westlake.edu.cn

网站: https://zhangyxlab.github.io/

张延晓博士

Yanxiao ZHANG, Ph.D.

计算与功能基因组学实验室

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邮箱: zhangyanxiao@westlake.edu.cn

网站: https://zhangyxlab.github.io/

个人简介

张延晓,浙江温州人。2010年毕业于北京大学生命科学学院并获得学士学位。2016年获得密歇根大学生物信息学博士(导师Dr. Maureen Sartor)和统计学硕士。2016年至今在路德维格癌症研究所(加州大学圣地亚哥分部)从事博士后研究(导师任兵),参与编制哺乳动物胚胎发育的表观遗传图谱(ENCODE)和三维基因组变化。曾获美国NIH Pathway-to-Independence K99/R00基金资助。将于2021年底加入西湖大学生命科学学院任特聘研究员。

学术成果及研究方向

每个人,甚至已知的每个生命体,都将经历不可逆的衰老过程并最终死亡。而作为遗传物质的DNA则因为生殖发育中的重编程而得以在新的生命体中延续。有趣的是,当体细胞因为突变而重编程为癌症细胞时,却可以无限的繁殖和传代,表明细胞层面可能具备“永生”的潜力(虽然这与个体的生存背道而驰)。这些潜力被包括DNA甲基化,组蛋白修饰,非编码RNA在内的表观遗传机制所调控。

衰老和癌症有许多联系,也都是复杂的生物学体系。随着系统生物学的快速发展,特别是基因组学,计算生物学技术的成熟,为研究这些复杂系统提供了更全息的景象。本实验室将致力于利用功能基因组学和计算生物学的工具来探究衰老和癌症的奥秘。特别是在表观遗传学方面,我们将着眼于异染色质(转录抑制区域),重复序列和转座子的异常激活对于癌症和衰老的影响;而这些区域因为技术的难题往往被科学家们丢弃,被戏称为基因组的“黑洞”。同时本实验室也密切关注各类前沿实验技术(包括但不限于单细胞多组学测序,三维基因组学,CRISPR基因编辑等等)和生物信息学分析方法的开发和应用。更多关于研究方向的细节,请参见:https://zhangyxlab.github.io/

代表论文

*These authors contribute equally

1) Gorkin D*, Barozzi I*, Zhao Y*, Zhang Y*, Huang H*,..., (35 authors), ...,Visel A, Pennacchio LA, Ren B. “An atlas of dynamic chromatin landscapes in the developing mouse fetus”, Nature, 2020

2) Zhang Y*, Li T*, Preissl S*, Amaral ML, Grinstein, JD, Farah, EN, Destici E, Qiu Y, Hu R, Lee AY, Chee S, Ma K, Ye Z, Zhu Q, Huang H, Fang R, Yu L, Izpisua Belmonte JC, Evans SM, Chi NC, Ren B. “Transcriptionally active HERV-H retrotransposons demarcate topologically associating domains in human pluripotent stem cells” Nature Genetics, 2019

3) Zhang Y, Koneva LA, Virani S, Arthur AE, Virani A, Hall PB, Warden CD, Carey TE, Chepeha DB, McHugh JB, Wolf GT, Rozek LS, Sartor MA. “Subtypes of HPV-positive head and neck cancers are associated with HPV characteristics, copy number alterations, PIK3CA mutation, and pathway signatures.”, Clinical Cancer Research, 2016

4) Zhang Y*, Lin YH*, Johnson TD, Rozek LS, Sartor MA. “PePr: a peak-calling prioritization pipeline to identify consistent or differential peaks from replicated ChIP-Seq data.” Bioinformatics, 2014


联系方式

电子邮箱:zhangyanxiao@westlake.edu.cn

本实验室是一个“干湿结合”的实验室,旨在利用基因组学,生物信息学和基因编辑工具来探索生命的奥秘。现有多个博士后,博士研究生,科研助理等岗位,期待对生命科学有激情有兴趣的同志加入。我们将为您提供优越的研究平台,跨学科的科研训练和积极健康的实验室文化。实验室网站:https://zhangyxlab.github.io/